Has comprobado que realmente hay un cilindro que no funciona midiendo la temperatura de los colectores?
Supongo que habrá diferencia, a modo de prueba si quieres aunque no para dejarlo así, coge la bobina de uno de los cilindros que vaya bien e intercambiala con el que no va bien, mide temperaturas, sabrás si el problema viene del cilindro, bujía o del propio cableado que llega al cilindro.
En cuanto al regulador lo ideal es que si conoces a alguien que tenga una moto como la tuya que va bien, lo tomes prestado para probar también.
Es un poco buscar la avería en modo ensayo/error, pero así sin verla...
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