Pues parece que ya se ha solucionado.
Esta mañana he cambiado el servo de la válvula de escape que tenia con los dientes pasados por otro con la pletina para anular el FI, doblado la pestaña de la pata y usado la segunda llave y hoy ya no lo ha hecho. Llego al corte en todas las marchas así que por el momento y a falta de probar más, problema solucionado.
Puede haber sido cualquiera de las tres cosas aunque me decanto por el tema del FI ya que supongo que al llevarlo encendido la moto estaria en modo averia y no dejaba estirar las marchas completamente.
De cualquier manera, parece que está solucionado