En primer lugar decirte que tienes toda mi admiración por tus ánimos de seguir montando en moto.
En cuanto a tu consulta. Yo he hecho alguna modificación en mi anterior moto (aunque de menor importancia) y me hicieron el certificado en el Laboratorio de Motores de Sevilla. Su web es:
http://www.gmts.es/laboratorios/laboratorio.html
Llámales por teléfono, son muy amables. Te informaran de los trámites que necesites. Una vez obtenido el certificado y otro del taller donde te hayan hecho la modificación, a pasar ITV y ya tienes la moto lista. Otra cosa es lo que necesites tu para poder conducirla que, no tengo ni idea.
Un saludo y suerte.