No sé dónde te quieren cobrar 5000€ por hacer el motor. Lo que normalmente se cambia son los elementos con más desgaste: segmentos, casquillos, tornillos de biela (que no queda otra) y todas las juntas. Yo hice el motor de mi antigua R6, cambiando lo que te he comentado más pistones (porque uno estaba una décima fuera de tolerancias y me quedaba yo más tranquilo) y me valió menos de la mitad de lo que te han dicho. Depende de cada marca el recambio vale algo más o algo menos, pero vamos, con 5000€ tienes un motor nuevo. Literalmente:
https://yart7.com/?product=yzf-r6-2017-spareengine
Sobre con cuántos kilómetros hay que hacerlo, depende de si está apretado el motor, y el cuidado que se haya tenido con temperaturas y aceites. Yo lo hice porque la moto cumplía 10 años de uso exclusivo en circuito (así que serían unos cuantos más kms de los que indicas) y por tranquilidad mía, porque iba a usar la moto para correr, y la conclusión fue... que me lo podía haber ahorrado
no había ningún casquillo marcado ni cerca de romper, todos los componentes del cambio estaban perfectos... eso sí, luego iba con motor nuevo y perfectamente ajustado.