La primera opción que yo optaría, repito "yo" que esto es muy personal, sería operarme, y así aliviar el roce de la patela (es el hueso redondo que sale al flexionar la rodilla) con el femur.
Si que tienes opciones para fortalecer el cuádriceps sin tener que flexionar demasiado la rodilla.
- Sentadilla isométrica:
https://goo.gl/images/Mjdwjq (se puede hacer a una pierna)
- Sentadilla con cinturón ruso:
https://goo.gl/images/5o8g3D (Bajando a uno 75º de flexión de rodilla)
- Extensiones de pie:
https://goo.gl/images/Iu3kxi
https://goo.gl/images/QU1jQc
Así por encima se me ocurre eso!!
Espero que te mejores compañero!