Que esten quemados en la conexion es sintoma de lo contrario, una mala conexion, que es casi seguro el problema inicial y eso pueda haberte llevado a un problema mayor.
Para descartar el alternador, haz como se te comenta:
Mide resistencia entre las 3 puntas de las bobinas, tiene que darte valores muy aproximados entre si. Despues comprueba continuidad a masa, tiene que estar completamente aislado, no puede haber continuidad porque seria un corto directo, si fuese asi el alternador estaria quemado o a punto, asi que reza para que no.
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