Originalmente publicado por Newton

Si como dices el problema pueda estar en la BBDD, puede que el causante es que os quedéis sin recursos por el tamaño del buffer de conexiones, revisad el net.ipv4.tcp_max_syn_backlog y net.core.somaxconn del kernel y el back_log de MySQL

Más info:

El numero de peticiones de conexión que puede tener MySQL. Esto se usa cuando el thread principal de MySQL recibe muchas peticiones de conexión en un pequeño lapso de tiempo. Necesita algo de tiempo (aunque muy poco) el thread principal para comprobar la conexión y empezar un nuevo thread. El valor de back_log indica cuántas peticiones pueden almacenarse duarnte este corto espacio de tiempo antes que MySQL temporalmente pare de responder a nuevas peticiones. Necesita incrementarlo sólo si espera un gran número de conexiones en un pequeño lapso de tiempo.

En otras palabras, este valor es el tamaño de la cola que escucha conexiones TCP/IP entrantes. El sistema operativo tiene su propio límite en el tamaño de la cola. La página del manual para la llamada de sistema Unix listen() proporcion más detalles. Consulte la documentación del SO para el máximo valor de esta variable. Intentar cambiar el valor de back_log por encima del límite del sistema operativo no es efectivo.