Si no has desconectado nada mas......igual el problema ya lo tenías antes de desmontar todo el tinglado.
Por lo que comentas miraría dos dos cosas:
Una, la cajita que has movido no será el inclinómetro o como se llame. En algunas motos, no se si es tu caso, llevan un sensor que cuando la moto se inclina mas de la cuenta para el motor, bomba de gasolina y no se que mas cosas.
Prueba a poner el relé en su posición a ver si arranca.
Si no arranca con el su posición, dale unos toquecitos con el mango del destornillador a ver que pasa.